提取質粒DNA和基因組DNA的區別
在分子生物實驗室中，我們常用各種試劑盒（e.g. QIAGEN mini/midi/maxi prep）做質粒DNA提取，如果都遵循操作，所得樣本基本上是質粒DNA（plasmid），只有少量的基因組DNA（genomic DNA）會混入進來。那么問題來了，基因組DNA和質粒DNA同為DNA分子，為什么基因組DNA沒有被純化出來呢？難道硅膠柱都自己有意識不成，可以分辨哪個是小型環狀DNA，哪個是大號基因組DNA……說到這里不得不提提取質粒DNA和基因組DNA的區別。

基因組DNA提取
相比于質粒DNA提取，基因組DNA的提取更簡單些，步驟如下：

1裂解
只要打開細胞將基因組DNA釋放出來就好了。一般來說，如果有細胞壁，就先破壞細胞壁，然后破壞細胞膜，細胞的DNA物質就全釋放出來。關于打破細胞壁的方法，請參見歷史文章（細胞裂解簡述和五種細胞壁結構）。從經驗上來看，機械裂解（如滾珠攪拌法和超聲波破碎法）要比化學裂解（如酶溶裂解）要來得快而且全面。

2純化
只要基因組DNA從細胞里釋放出來，接下來要做的就是純化它們。一般可以采用苯酚-氯仿抽提法（歷史文章點這里）或者直接過硅膠柱。值得注意的是，基因組DNA由于很大，基本上在提純以后不會保持完整，而是會碎裂成片段。但這對后續可能進行的PCR、qPCR不但沒有壞處，反而是有好處的。不完整的DNA更容易變性，因此有益于PCR的進行。

質粒DNA提取
質粒DNA的提取比基因組DNA提取更復雜一些，因為要在提取的過程中避免基因組DNA的污染。和基因組DNA提取法更大的區別在于細胞裂解的方法。

1裂解
提取質粒DNA時，只采用強堿裂解法（alkaline lysis）。這個方法是由Birnboim和Doly在1979年發明的，在SCI上原著文章的引用量至今為止已達到12886，可以算是分子生物學里殿堂級的實驗方法（科普ps：另外一個殿堂級方法，bradford assay，原文發于1976，至今引用量187783）。強堿裂解液里有氫氧化鈉（NaOH）和十二烷基硫酸鈉（SDS：Sodium dodecyl sulfate），目的是讓質粒DNA和基因組DNA完全失活，使雙鏈分子全部變成單鏈。使用強堿裂解的時候要注意不能裂解時間過長，否則對質粒DNA和基因組DNA產生不可逆形變就不好了（< 5 min）。

接下來強堿液被中和使裂解反應停止，這里就是分離質粒DNA和基因組DNA的關鍵。質粒DNA分子相對較小，互補鏈很容易重新組合成雙鏈而回復活性，而基因組DNA較大，在形成雙鏈的過程中很容易和其他蛋白纏繞在一起，導致無法形成完整的雙鏈。和蛋白纏繞的基因組DNA就可以在提純過程中被除去。

2提純
可以用乙醇提取法或是硅膠柱提取（歷史文章點這里）。這樣提取出來的DNA基本上是質粒，而且可以用于克隆、測序等等后續的活動，如果質粒DNA要用于轉染（transfection）或者離子交換（anion exchange），質粒還需要額外處理